一、雞體抗病能力降低：飼料或飲水中長期添加抗菌藥物會使雞的自身免疫功能下降，一旦藥物劑量不足或停藥，則更易受病原微生物的侵襲而發生疾病。
二、雞體中毒：超劑量用藥、累加用藥、多種藥物聯合使用以及長期用藥等，均可造成雞體中毒和腸道正常菌群失調，而致消化不良、腹瀉生長緩慢，嚴重者造成大批死亡。
三、抗藥菌株產生：使用抗生素時間長，或療程短、頻繁更換品種以及用量不足等，可使病菌對藥物的敏感性降低，而產生耐藥菌株。耐藥菌株可使多種抗菌藥物療效降低或失效。
四、藥物殘留與環境污染；長期大劑量、不加限制地使用抗菌藥物，致使畜產品（尤其是肉食品）藥物殘留嚴重超標，危害人的健康。一些不被腸道吸收的藥物，隨糞便排出而造成環境污染。
